Папки в бате пришлось создавать вручную и копировать в них файлы из физических папок на диске. Папок было много. (Наверняка был способ сделать это по-человечески.)
Букмарки утеряны вместе с хистори. В IE они представляют собой отдельные файлы и мне сложно представить, что может их убить, а если уж такое и случится, то мне будет, скорее всего, не до них. А к опере я еще, гм, не вполне привыкла, поэтому мысль о бэкапе меня посетила вот только что.
upd. То же самое пережил фотошоп. То, что он потерял пользовательские настройки, видно из предупреждения при загрузке о том, что scratch disk теперь совпадает с загрузочным (а у меня это, разумеется, было не так). Но с ним случилось и что-то еще, потому что он теперь совсем не жилец.
upd. Или это случилось не только с открытыми программами? Скайп разлогинился, кажется, он не был запущен, но я не уверена.